Als städtebauliche Idee greift die Konzeption die Elemente des historischen Stadtgefüges auf. Im Inneren des Gebäudes entstehen ehemalige Straßenzüge, wie die frühere Eschergasse, wieder neu. Das gebäudehohe Foyer nimmt Bezug auf den verloren gegangenen Hunnenplatz. Es ermöglicht den Zugang sowohl von der Donaupromenade im Norden als auch von der Altstadt im Süden und verbindet so Stadt- und Flusslandschaft.

Das Museum wird mit einer Außenhaut belegt, die das skulpturale Erscheinungsbild des Gebäudekörpers hervorhebt. Zur Wahrung dieses Eindruckes überdeckt ihre fein rhythmisierende, vertikale Textur auch konsequent die Fassadenöffnungen. Der wechselnde Einsatz von keramischen Platten und Stäben vermeidet jede Form von Gleichmäßigkeit. Material und Farbigkeit der Keramik adaptieren Charakteristika der Überreste des römischen Legionslagers "Castra Regina" an der oberen Donau, der Keimzelle der Stadt Regensburg.