Die Bavariathek ist Teil des Hauses für Bayerische Geschichte und dennoch ein eigenständiger Baukörper mit einer eigenen Architektursprache. Anders als bei den fast fensterlosen Museumsräumen erhalten hier die Fenster als besondere Gestaltungselemente eine große Bedeutung. Mit ihren breiten Metallfaschen einerseits oder auch fast rahmenlosen Verglasungen andererseits interpretieren sie die Fassaden der mittelalterlichen Nachbargebäude neu. Auch die rauhe Oberfläche des Kratzputzes ist eine Reminiszenz an die historische Umgebung.